Jean-Yves Perrot a été nommé Président de l’Ifremer au Conseil des ministres du 24 mars 2005.
Ancien élève de l’Ecole Nationale d’Administration (ENA), Conseiller maître à la Cour des comptes, où il a notamment exercé les fonctions d’avocat général, il a été, de 1997 à 2002, Directeur des Affaires Économiques et Internationales du Ministère de l’Équipement, des Transports et du Logement.