Les objets restés dans l’eau salée subissent un traitement de conservation et de remise en état, plus ou moins long selon leur composition, avant d’être exposés à l’air libre. Ce traitement est très coûteux, et réclame un financement d’un niveau comparable à celui de l’exploration du site et de la mise au jour du mobilier.
Les techniques utilisées sont d’abord développées en France, notamment par EDF et par une entreprise basée à Grenoble (traitement du bois).
Une bonne partie des objets remontés entre 1991 et 1995 est traitée près de Cannes dans le laboratoire « Archéolyse International » – sur financement de la fondation EDF.
En 1993, le Naval Historical Center finance la conservation de certains objets de l’Alabama dans un laboratoire situé au U.S. Navy Yard à Washington (DC, District of Columbia).
« Archéolyse International » prend également en charge la conservation du canon Blakely et de son affût : les effets prolongés du sel nécessitaient un traitement par électrolyse pour éviter sa désagrégation. À partir du canon préservé, un moule est tiré et 3 répliques sont livrées. Ce travail est achevé en 1999.