Ne voyant plus d’utilité à la Gare Maritime Transatlantique de 1933, et pour dégager des terre-pleins pour le trafic de marchandises (granit, conteneurs), la Chambre de Commerce décide de la détruire. Le 7 novembre 1978, un projet de reconstruction d’une zone pour accueillir des conteneurs transatlantiques voit le jour, comprenant la destruction de la galerie nord de la Gare Maritime Transatlantique.
La 1re tranche de démolition est réalisée les 10 et 11 avril 1979. La seconde tranche se termine en novembre 1982. À la fin du mois de mars 1982, la galerie d’embarquement sud est dynamitée. Seule la dernière travée de l’extrémité sud est conservée. Elle demeure actuellement la seule trace qui donne une idée de la longueur totale du bâtiment principal. La partie centrale du Hall des Transatlantiques, reconstruite en 1952, est quant à elle démolie en 1982.
La galerie sud dynamitée
En 1986, le service régional des affaires culturelles propose que la Gare Maritime Transatlantique soit classée monument historique dans le cadre de la protection du patrimoine architectural de la période 1900-1960.
Le dossier aboutit le 27 décembre 1989 par une inscription à l’inventaire supplémentaire des Monuments Historiques du patrimoine architectural des années Trente. Cette inscription comprend le Hall des Trains et la Voie Charretière, avec leurs équipements, les façades et les toitures du Hall des Transatlantiques, ainsi que les deux passerelles mobiles d’embarquement.
Le 16 août 2000, le Hall des Transatlantiques est également inscrit à l’inventaire supplémentaire des Monuments Historiques.
Cette inscription protège la Gare Maritime Transatlantique de toute nouvelle destruction et le projet de La Cité de la Mer porté par la Communauté Urbaine de Cherbourg lui redonnera ses lettres de noblesse.