La majeure partie de l’activité du département Systèmes Sous-Marins est réalisée dans le cadre du programme « Construction et développement des navires, des engins et des équipements océanographiques » du thème « Grands équipements au service de l’océanographie ». Il sagit par exemple de la réalisation de robots sous-marins autonomes côtiers ou évolutions des engins sous-marins en service (Nautile -dont la maquette échelle 1 est exposée à La Cité de la Mer-, Victor 6000, …).